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高新技術企業認定的程序如下:

(一)企業自我評價及申請

企業登錄"高新技術企業認定管理工作網"，對照本辦法第十條規定條件，進行自我評價。認為符合認定條件的，企業可向認定機構提出認定申請。

(二)提交下列申請材料

1. 高新技術企業認定申請書;

2. 企業營業執照副本、稅務登記證(復印件);

3. 知識產權證書(獨占許可合同)、生產批文，新產品或新技術證明(查新)材料、產品質量檢驗報告、省級以上科技計劃立項證明，以及其他相關證明材料;

(三)合規性審查

認定機構應建立高新技術企業認定評審專家庫;依據企業的申請材料，抽取專家庫內專家對申報企業進行審查，提出認定意見。

(四)認定、公示與備案

認定機構對企業進行認定。經認定的高新技術企業在"高新技術企業認定管理工作網"上公示15個工作日，沒有異議的，報送領導小組辦公室備案，在"高新技術企業認定管理工作網"上公告認定結果，并向企業頒發統一印制的"高新技術企業證書"。

通過復審的高新技術企業資格有效期為三年。期滿后，企業再次提出認定申請的，按本辦法第十一條的規定辦理。

第十四條 高新技術企業經營業務、生產技術活動等發生重大變化(如并購、重組、轉業等)的，應在十五日內向認定管理機構報告;變化后不符合本辦法規定條件的，應自當年起終止其高新技術企業資格;需要申請高新技術企業認定的，按本辦法第十一條的規定辦理。

高新技術企業更名的，由認定機構確認并經公示、備案后重新核發認定證書，編號與有效期不變。

折疊建立人工費用控制制度

員工的錄用、辭退應經過研究開發項目相關負責人批準，并編制研發人員名冊，準確核算人員費用。研究開發項目管理部門統計工時，負責工資計算的部門依據研究開發項目管理部門統計的工時和規定的工資標準制作工資表。研發機構對委托境外的外部研發投入和境內的外部研發支出在費用單據上進行標注，并經相關負責人審批。研發人員的工資表經過研究開發項目有關負責人簽署后報財務部門發放工資，財務部門依據各研究開發項目的工時統計計算各項目的工資費用。