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 檢測過程對可能出現的假陽性和假陰性進行質量控制，除了檢測商品試劑盒所提供陽性和陰性對照外，每次臨床樣本檢測時，至少應當有1份弱陽性和3份陰性質控樣本（多份陰性質控樣本設置對實驗室“污染”所致假陽性的監控更為有效），隨機放在所檢測標本的中間。弱陽性質控樣本可為檢測陽性的滅活稀釋后保存的臨床樣本、滅活病毒或假病毒顆粒等，如所采用的商品化試劑盒有“內標”控制假陰性，或弱陽性質控樣本來源困難，可暫不設弱陽性質控。陰性質控樣本采用標本采集管內溶液即可。質控樣本應與臨床標本同等對待，參與樣本核酸提取和擴增檢測全過程。

通過合理的結構及布置，實現了臨床分子實驗室的分區要求。各實驗操作區吊頂內具備集中抽風系統，使得各操作區域相對緩沖區形成相對負壓，各室氣流單向流動，經由集中式排風管道外排。設置室間傳遞窗可使樣本模板及試劑單向流動。

化學試劑的保管是實驗室人員的日常工作，需要管理人員有較高的化學試劑知識。一般的化學試劑按照單質、無機物、有機物、指示劑等分別存放。無機物和有機物要按照試劑的種類、規格而分別保管，由于種類和規格繁多，在這里就不一一贅述了。

實驗室化學試劑大多數具有一定的毒性和危險性，對實驗室化學試劑的倉儲管理，不僅是保障分析結果質量的需要，也是確保生命財產安全的需要。化學試劑的管理應根據實際的毒性、性、腐蝕性和潮解性等不同的特點，以不同的方式妥善管理。

農產品檢測實驗室因使用大量有機、無機化學試劑甚至化學物品而對環境有很大的污染性，因此實驗室建設應遠離居民區。考慮到實驗室通風要求和節約能源，實驗室應為獨立建筑，多層建筑，如果是共用建筑，應該在多層建筑特別是高層建筑的頂部，這樣在實驗室的通風設計和使用時會節約大量的資源和能源，并且通風效果較好。