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 一級生物安全柜可保護工作人員和自然環境而不保護試品。氣流基本原理和實驗室通風柜一樣，不同點取決于出氣口安裝有HEPA過濾裝置。（4）在剛開始工作前到進行工作后，應至少讓安全柜工作4分鐘來進行“清潔”全過程。全部種類的生物安全柜都會排氣管和進風口應用HEPA過濾裝置。一級生物安全柜自身無離心風機，依靠外接通風管道中的離心風機推動氣流，因為不可以保護柜里商品，現階段已偏少應用。 二級生物安全柜是現階段運用普遍的柜型。依照NSF49的中的要求，二級生物安全柜按照通道氣流風力、排氣管方法和循環系統方法可分成4個級別：A1型，A2型(原B3型),B1型和B2型。全部的二級生物安全柜都可以出示工作人員、自然環境和商品的保護。 三級生物安全柜是為3-4級試驗室生物安全級別而設計方案的，柜體徹底氣密性，工作人員根據聯接在柜體的膠手套開展實際操作，別名手套箱(Glove box)，實驗品根據雙開門的傳送箱出入安全柜以保證不會受到環境污染，適用高危的生物實驗。

生物安全柜一般是做致病菌，霉菌，酵母菌，病毒來用，操作區域是負壓，簡單說是往處抽風的，當然致病菌也不是直接抽出排到室外，是過濾在生物安全柜的頂部漏器上，從排風量上可以分為，50%外排型，75%?以及100%外排型。在生物安全柜內所形成的幾乎沒有微生物的環境中，盡量避免使用明火，酒精燈的火焰可能會影響室內的氣流平衡。

生物安全實驗室選用生物安全柜的原則當實驗室級別為一級時一般無須使用生物安全柜，或使用Ⅰ級生物安全柜。

實驗室級別為二級時，當可能產生微生物氣溶膠或出現濺出的操作時，可使用Ⅰ級生物安全柜；當處理性材料時，應使用部分或全部排風的Ⅱ級生物安全柜；若涉及處理化學致癌劑、性物質和揮發性溶媒，則只能使用Ⅱ-B級全排風(B2型)生物安全柜。

實驗室級別為三級時，應使用Ⅱ級或Ⅲ級生物安全柜；所有涉及材料的操作，應使用全排風型Ⅱ-B級(B2型)或Ⅲ級生物安全柜。

實驗室級別為四級時，應使用Ⅲ級全排風生物安全柜。當人員穿著正壓防護服時，可使用Ⅱ-B級生物安全柜。