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益生元的雙歧因子功能：迄今已鑒定的益生元大多可以促進雙歧增殖的，其作用機制是益生元選擇性刺激腸道中眾多菌群中的雙歧的增殖。這可能是由于雙歧利用這類基質生長的效率比其他微生物相對更高，并且能耐受短鏈脂肪酸（SCFA）和發酵所引起的酸化微環境的原因。分析長雙歧基因組揭示了專門對各種不同碳水化合物進行分解代謝的大量蛋白質序列，無疑這些有助于提高在腸道環境中的競爭力。

還有研究證實，由于低聚糖類益生元經微生物發酵后可降低腸道酸堿度（PH）值， 導致了內所形成的鈣、磷酸鹽、鎂構成的復合物發生溶解，從而有利于腸中鈣、鎂等礦物質的吸收， 這對促進兒童的生長和防止骨質疏松將具有極為重要的意義。

益生元還能增體，雙歧、乳酸等有益菌群利用益生元的營養會促進自身的生長和增殖， 從而刺激巨噬細胞產生活性，被的巨噬細胞將分泌素，又會促進淋巴細胞分裂增殖，使腸道生長，從而提高機體。

對功能性低聚糖等益生元功效進行評估需要進行體外實驗和體內實驗研究，依據目前的研究進展，可以將非消化性低聚糖對人體的生理功效的實驗結果劃分為3個層次，如下表所示。到目前為止，只有低聚果糖和菊糖兩種商業益生元開展了為詳盡的體外實驗和體內評估，獲得了大量人體試驗的數據。

益生元可溶性膳食纖維特性：低聚糖類益生元具有可溶性膳食纖維的基本特性。如可降低糞便pH值；減少有毒代謝物；增加糞便體積和水分、加速腸腔蠕動、減輕；具有潔腸、的功能。除此之外，低聚糖類益生元還具有良好的耐消化性，不易被唾液、胰液、腸液中的酶類所分解，可以一直到達大腸，被腸道細菌代謝。

在攝取益生菌的時候，讓益生菌數量增加，可以“種”，也可以“養”。“種菌”就是直接口服益生菌，目的是讓活的益生菌在腸內安家落戶，傳宗接代；“養菌”即是提供益生菌喜歡的食物——益生元，給它們創造一個好的營養環境，讓它們能快速繁殖，“壓”過有害菌的勢力。當然，“種”、“養”結合，腸道就能更快地恢復年輕。英養專家倡導，鼓勵60歲以上的人每天應服食益生菌，以補充體內的“有益”菌類，讓有益菌始終處于較高水平，從而抑制有害菌生長，減少腸道的發生率。