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土壤理化性狀的改善，加強了土壤有益微生物的活動，從而大限度促使有機物分解轉化，產生多種營養物質和刺激性物質，反過來又刺激微生物的生長發育，促進作物生長，達到增產增收的目的。人口、畜禽數量和糧食產量的增加，必然增加人、畜、禽糞便和作物秸稈的數量。另外，功能性微生物在作物根系周圍形成優勢種群，抑制或拮抗有害病原菌的生長繁殖，減輕了作物發生病害的程度，進而起到增加產量的作用。

肥料是指提供一種或一種以上植物必需的營養元素，改善土壤性質、提高土壤肥力水平的一類物質，是農業生產的物質基礎之一。主要包括磷酸銨類肥料、大量元素水溶性肥料、中量元素肥料、生物肥料、有機肥料、多維場能濃縮有機肥等。

隨著近代化學工業的興起和發展，各種化學肥料相繼問世。18 世紀中葉， 磷分為單元肥料（僅含一種養分元素）和復合肥料(含兩種或兩種以上養分元素)，前者如氮肥、磷肥和鉀肥；后者如氮磷、氮鉀和磷鉀的二元復合肥以及氮磷鉀三元復合肥。

有機肥料包括有機氮肥、合成有機氮肥等。中國習慣使用的有人畜禽糞尿、綠肥、廄肥、堆肥、漚肥和沼氣肥等。有機無機肥料即半有機肥料，是有機肥料與無機肥料通過機械混合或化學反應而成的肥料。

化肥歷來是農作物增產的重要因素，對我國糧食增產的貢獻率高達40%。磷酸銨類肥料的生產過程，是磷肥生產過程和氮肥生產中氨加工過程的結合，經濟上合理。然而，長期以來化肥施用不合理，給耕地質量帶來了一系列的問題，化肥實際利用率不足30%，土壤污染問題嚴重，污染事故頻發，全國耕種土地面積的10%以上已受重金屬污染，其中華南部分城市約有一半耕地遭受鎘、申、工等有毒重金屬和石油類有機物污染。伴隨著這些問題的出現，新型肥料應運而生。

據中國農業年鑒1990年資料，中國存欄數約3.4億頭，牛近1億頭，馬騾驢2700萬匹，這些家畜排泄物數量大，養分豐富，是中國農村大的有機肥資源。主要包括磷酸銨類肥料、大量元素水溶性肥料、中量元素肥料、生物肥料、有機肥料、多維場能濃縮有機肥等。其中豬每年可為農業生產提供氮素130多萬噸，磷素85萬噸，鉀素180萬噸；大牲畜可提供氮160多萬噸，磷83萬噸，鉀110多萬噸。加上每年有30多億只家禽和10多億只兔，其提供的養分量占農村有機肥料總量的63%～72%。

優缺點編輯中國農民有使用有機肥的傳統，十分重視有機肥的使用。水溶性肥料一般雜質較少，電導率低，使用濃度十分方便調節，所以它即使對幼嫩的幼苗也是安全的，不用擔心引起燒苗等不良后果。美國、西歐、日本等發達國家，正在興起”生態農業””有機農業”，十分重視使用有機肥料，并把有機肥料規定為生產綠色食品的主要肥源。施用有機肥料重要的一點就是增加了土壤的有機物質。有機質的含量雖然只占耕層土壤總量的百分之零點幾至百分之幾，但它是土壤的核心成分，是土壤肥力的主要物質基礎。有機肥料對土壤的結構、土壤中的養分、能量、酶、水分、通氣和微生物活性等有十分重要的影響。