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基本的益生元為碳水化合物，但定義并不排除被用作益生元的非碳水化合物物質：理論上來講，任何可以減少有害，而有益于促進健康的或活動的物質都可以叫作益生元。

一般認為益生元是給益生菌提供“食物”，益生元能夠被腸道內有益細菌分解吸收，促進有益細菌生長繁殖。 [4]  益生元給益生菌提供“食物”，能夠被腸道內有益細菌分解吸收，促進有益細菌生長繁殖。大家所熟悉的雙歧因子就是促進腸內雙歧生長的益生元。

腸胃益生菌能夠改善腸道微生態，例如：低聚糖類物質能夠促進腸道有益菌雙歧及乳酸的大量增殖， 同時有益菌代謝產生的短鏈脂肪酸和一些物質可直接抑制外源性致病菌和腸菌如擬屬、梭菌屬和大腸埃希菌類的生長繁殖。

益生元的雙歧因子功能：迄今已鑒定的益生元大多可以促進雙歧增殖的，其作用機制是益生元選擇性刺激腸道中眾多菌群中的雙歧的增殖。

調節、。益生元可被雙歧、乳酸等有益菌群利用產生代謝產物，而代謝產物反之又能促進其消化、生長和增殖，從而刺激了腸道生長，提高巨噬細胞的活性，提高了機體的水平。對低聚糖類益生元的調節作用檢驗證明，低聚糖多具有明顯提高形成細胞數及NK細胞活性，增強功能的作用。大量動物實驗表明，雙歧在腸道的大量增殖有作用，這種作用歸功于雙歧的細胞，細胞壁和細胞間的物質使機體的提高。

日常飲食中經常食用益生元將有利于人體營養與健康，可以在早餐谷物如，燕麥片、脆米片中添加低聚果糖，還可以食用富含低聚糖的飲料、糖果、糕點及，對于不能進行喂養而必須依靠人工喂養的嬰兒，為了幫助其健全腸道屏障功能，可以選擇添加了低聚果糖、低聚半乳糖的嬰幼兒乳品。

功效評估根據益生元的定義，一種物質是否被判定為益生元的標準如下：①不被宿主胃腸道消化或吸收，能夠完整到達大腸； ②只能被腸道內常駐的一種或幾種有益菌所利用，促進其生長繁殖或代謝活性；  ③能改善腸道菌群組成。促進宿主健康； ①誘導腸腔內系統性，改善宿主體質。