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基本的益生元為碳水化合物，但定義并不排除被用作益生元的非碳水化合物物質：理論上來講，任何可以減少有害，而有益于促進健康的或活動的物質都可以叫作益生元。

一般認為益生元是給益生菌提供“食物”，益生元能夠被腸道內有益細菌分解吸收，促進有益細菌生長繁殖。 [4]  益生元給益生菌提供“食物”，能夠被腸道內有益細菌分解吸收，促進有益細菌生長繁殖。大家所熟悉的雙歧因子就是促進腸內雙歧生長的益生元。

益生元可誘導腸道中雙歧菌群增大10-100倍，且羅歐（Rao，1999）針對FOS所做實驗結論稱，益生元的雙歧因子效果同雙歧群原來大小成反比關系，這種影響比益生元劑量的影響還要大。

益生元可溶性膳食纖維特性：低聚糖類益生元具有可溶性膳食纖維的基本特性。如可降低糞便pH值；減少有毒代謝物；增加糞便體積和水分、加速腸腔蠕動、減輕；具有潔腸、的功能。除此之外，低聚糖類益生元還具有良好的耐消化性，不易被唾液、胰液、腸液中的酶類所分解，可以一直到達大腸，被腸道細菌代謝。

還有研究證實，由于低聚糖類益生元經微生物發(fā)酵后可降低腸道酸堿度（PH）值， 導致了內所形成的鈣、磷酸鹽、鎂構成的復合物發(fā)生溶解，從而有利于腸中鈣、鎂等礦物質的吸收， 這對促進兒童的生長和防止骨質疏松將具有極為重要的意義。

益生元還能增體，雙歧、乳酸等有益菌群利用益生元的營養(yǎng)會促進自身的生長和增殖， 從而刺激巨噬細胞產生活性，被的巨噬細胞將分泌素，又會促進淋巴細胞分裂增殖，使腸道生長，從而提高機體。