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菌落總數和致病菌有著本質區別，菌落總數包括致病菌和有益菌，菌落總數超標也意味著致病菌超標的機會增大，但不能直接說明致病菌超標，要進一步進行致病菌檢測。食品的菌落總數嚴重超標，說明其產品的衛生狀況達不到基本的衛生要求，將會破壞食品的營養成分，加速食品的變質，使食品失去食用價值。消費者食用微生物超標嚴重的食品，很容易患痢疾等腸道疾病，可能引起嘔吐、腹瀉等癥狀，危害人體健康安全。

在食品衛生微生物檢驗中，可作為糞便污染指標菌依據的上述條件，糞便中數量的是大腸菌群，而且大腸菌群隨糞便排出體外后，其存活時間與腸道主要致病菌大致相似，在檢驗方法上，也以大腸菌群的檢驗計數簡便易行。因此，我國選用大腸菌群作為糞便污染指標菌是比較適宜的。

另外，作為糞便污染的指標細菌還有：分叉(Bifidobacterium)、擬(Bacteroides)、乳酸菌、腸科中的梭狀芽胞和底群鏈球菌等，據報道，擬是人體腸道內第二個較大的菌群；厭氣性乳酸菌占人體腸道內細菌組分的50 ％以上，一般糞便中該菌量為109個／g—1010個／g。腸道內屬于腸科的細菌，除上述的細菌外，還有克雷伯氏菌屬(Klebsiella)、變形和副大腸等，也可以充當糞便污染指標菌。很多研究者認為，在冷蹤食品或冷凍狀態照射處理過的食品中，大腸可比其他多種病原菌容易，因此，像這類食品，用大腸菌群作為指標菌就不夠理想，而底群鏈球菌對低溫抵抗力強，作為這類食品的糞便污染指標菌就比較適宜。上述的這些腸道內的其他細菌，雖與糞便有關，因均比不上大腸菌群所具備的指標特異性，所以目前還沒有列入作為公認的糞便污染的指標細菌。

當然，大腸菌群作為糞便污染指標菌也有一些不足之處：①飲用水中含有較少量大腸菌群的情況下，有時仍能引起腸道的流行。⑧大腸菌群在一定條件下能在水中生長繁殖。②在外界環境中，有的沙門氏菌比大腸菌群更有耐受力。

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