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生物有機肥與精制有機肥的區別：一是微生物的有無。生物有機肥內含有多種有益微生物，而精制有機肥經過高溫處理，所有微生物基本被，難以為土壤提供有益微生物。二是養分不同。精制有機肥通過高溫處理，養分受高溫損失較多。三是效果不同。精制有機肥只是通過高溫熱空氣減少產品中的水分，沒有經過腐熟，直接使用容易燒根燒苗。四是氣味不同。精制有機肥通過干燥處理，除臭效果不理想，返潮即發出惡臭味，而生物有機肥可將尿酸變成菌體的尿蛋白，從根本上消除了臭味。

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生物有機肥含有許多有機酸、腐植質酸及其他羥基類物質，它們都具有很強的螯合能力，能與許多金屬元素螯合形成螯合物，可防止土壤對這些營養元素的固定而失效。比如，生物有機肥與磷肥摻合施用，其中的有機酸等螯合物能將土壤中活性很強的鋁離子螯合，可防止鋁與磷結合形成作物很難吸收的閉蓄態磷，大大提高土壤有效態磷含量。

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發酵有機肥生物肥料，它的主要作用，幫助提高土壤的肥力。如各種固氮菌肥料，可以增加土地中地氮素來源,解磷解鉀菌肥料可以將土壤中難溶性的磷、鉀溶解出來,增加土壤中磷(P)、鉀(K)元素的來源.另外,生物肥料還能促進作物的生長，改善農產品的品質.各類生物肥施入土壤中，都能產生不同的,刺激作物的生長，如"5406"生物肥，它不但有拮抗病原菌防病壯菌的作用,還能分泌細胞分裂素促進作物的生長。