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聚乙二醇是非離子型的水溶性聚合物，它能與許多極性較高的物質配伍，對低極性的物質配伍性差，相對分子質量低的聚乙二醇配伍性較好。聚乙二醇可與蛋白、氧化淀粉、硝基纖維素、聚酯和玉米朊配伍或部分配伍。與、蓖麻油、明膠、阿拉伯膠，礦物油、橄欖油和石蠟等不互溶。配伍禁忌液態和固態級別的聚乙二醇和某些色素不能配伍；可使素的活性降低，特別是青和肽；羥苯酯類的防腐劑可因聚乙二醇的絡合使防腐效果減弱；酚、鞣酸、水楊酸可使其軟化和液化；類和地蒽酚與其作用可變色；與山梨醇配伍可生成沉淀。

聚乙二醇，稱為PEG，在制藥工業中用作溶劑，增塑劑，表面活性劑，軟膏和栓劑基質以及和潤滑劑的惰性成分。PEG 400表示特定PEG在400時的平均分子量。PEG 3350是一種名為Miralax的非瀉藥。 在這種情況下，即使全身吸收小于0.5％，PEG也被視為活性成分。

聚乙二醇用于原生質體轉染和孵育的基因傳遞。 它用于制備提取物，以測量植物組織中的胞質磷酸烯醇酸羧化激酶（PEPCK）。 介導DNA轉化成源自稻殼的原生質體是有用的。

聚乙二醇4000是本藥的主要成分。高分子量的聚乙二醇是長鏈聚合體，通過氫鍵來固定水分子并發揮作用。本約是一種滲透性緩瀉劑，作用機制基本上是物理作用：通過增加局部滲透壓，使水分保留在結腸腸腔內，增加腸道內液體的保有量，因而使大便軟化。大便軟化和含水量增加可以進而促進其在腸道內的推動和排泄。劑量-效應研究證實，10～20g 本藥可使結腸產生生理學效應，產生正常的大便，并確保持續發生。

聚乙二醇4000還用于輸送以及組織工程中。 凝膠是通過交聯反應性PEG端基而形成的聚合物網絡，可產生抗蛋白質生物降解和粘附的凝膠。這些性質有利于組織工程和遞送。

體外測定法也已經依賴于PEG，它可以用來模擬擁擠的細胞狀況，從而使研究人員能夠研究體外的細胞內環境。

蛋白質分析是另一個利用PEG的生物醫學領域，該領域的許多應用中都使用了PEG。該化合物用作DNA分離和細胞結晶的沉淀劑，有助于揭示蛋白質的原子結構。

基因療法使用PEG包覆病毒等載體，以保護它們免于被系統滅活，并使它們在中脫靶，從而防止其潛在的毒性作用。

PEG在血庫中也特別重要，在血庫中，聚乙二醇4000廠家用于增強和抗原的顯著性。