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原位雜交是指將特定標記的已知順序核酸為探針與細胞或組織切片中核酸進行雜交，從而對特定核酸順序進行精0準確定量定位的過程。原位雜交可以在細胞標本或組織標本上進行。

原位雜交（in situ hybridization）將標記的核酸探針與細胞或組織中的核酸進行雜交，稱為原位雜交。

使用DNA或者RNA探針來檢測與其互補的另一條鏈在細菌或其他真核細胞中的位置。

原位雜交是指；分子雜交的一種形式。由未經抽提分離的染色體DNA，在原來位置上被變性成單鏈后，與探針進行分子雜交。1977年由本頓(W.D.Benton)和戴維斯(R.W.Davis)在原分子雜交基礎上發展的一種較新的分子雜交技術。方法是將菌落或噬菌斑轉移到硝9酸纖維素濾膜上，使在原位發生溶菌后變性的DNA，同濾膜原位結合，再與有放5射性同位素標記的特定核苷酸“探針”雜交，其結果可用放5射自顯影來顯示，出現銀粒的地方便是待測染色體DNA上與探針互補順序所在的位置。對快速檢測轉化群落中的DNA序列或任何一種插入的DNA序列，以及動植物的基因定位工作，都具有廣泛應用價值。(見“分子雜交”、“放5射自顯影”、“影印培養技術”)



在選用探針時經常會受到可利用探針種類的限制。如在建立DNA文庫時，手頭沒有篩選特定基因的克0隆探針，這時就可用寡核苷酸探針來代替。但必須首先純化該基因的編碼蛋白，并測定6個以上的末端氨基酸序列，通過反推的核苷酸序列合成一套寡核苷酸探針。如果已有其它動物的同種基因克0隆，因為人類和動物間在同一基因的核苷酸順序上存在較高的同源性，因此可利用已鑒定的動物基因作探針來篩選人類基因克0隆。對于基因核苷酸序列背景清楚而無法獲得克0隆探針時，可采用PCR方法擴增某段基因序列，并克0隆人合適的質粒載體中，即可得到自己的探針。這種方法十分簡便，無論基因組DNA探針還是cDNA探針都可以容易地獲得，而且，可以建立PCR的基因檢測方法，與探針雜交方法可作對比，可謂一舉兩得。