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解決飼料發霉的途徑可以從幾個方面入手：（1）、控制原料水分（混合后的原料水分夏季12%-14%,冬季10%-11.5%）；（2）、放大生產批量，要根據不同規格的制粒機和冷卻器確定小的安全生產批量，就制粒機來說的安全生產批量是調質溫度達到正常后，已制粒的量要小于該批料總量的25%（并且在調質溫度沒有達到50℃前制的顆粒要接出來）；對于冷卻器來說的安全生產批量是整批料在冷卻器中要達到其容量的60%以上。（3）、制粒機啟動前先排干凈蒸汽管道內凝結的水；并且要經常檢查管路的輸水閥是否正常。（4）、通過調節設備和工藝參數如調質器保溫、提高蒸汽的飽和度、提高調質溫度、控制制粒機喂料量延長顆粒在環模孔內的時間（以提高顆粒離開環模的溫度）、調高冷卻器的料位高度、選擇合理風門開度等措施在一定范圍內可以控制成品水分。

發酵飼料的原料很多，按來源可分為：餅粕類，糧食加工廠的副產品類，微生物發酵加工廠的下腳料類，菌菇生產的基料，果蔬加工廠的下腳料類，植物的根、莖、葉類，畜禽屠宰場的下腳料類，水產品加工廠的下腳料類，薯渣類等。隨著發酵飼料技術的日漸成熟及工藝設備的不斷完善，更多的自然界產生的有機物及更多的加工副產物將成為發酵飼料的原料，利用率得到進一步的提高。

飼料在發酵的過程中，微生物區系平衡被打破后，益生菌在特定情況下有可能會轉變為病原菌，如乳酸桿引起的臨床生病。因此發酵飼料的使用應充分考慮動物、消費者以及環境等因素安全方面的問題，經過嚴格的科學試驗確認其無害后才能推廣應用。微生物發酵飼料中的大部分有益菌是活菌，而抗生具有殺菌作用，因此二者也不能同時使用。