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次氯酸的殺菌原理：因為細胞膜表面是帶有負電荷的，而次氯酸是中性小分子，可以穿透細胞膜，進入細胞內部，并與其內部的DNA和線粒體發生反應使其，直接殺菌。其次，次氯酸在殺菌、殺病毒過程中，不僅可作用于細胞壁、病毒外殼，而且因其分子小，不帶電荷，還可滲透入菌（病毒）體內與菌（病毒）體蛋白、核酸和酶等發生氧化反應或破壞其磷酸脫氫酶，使糖代謝失調而致細胞，從而病原微生物。

次氯酸主要作為消毒劑使用，被廣泛用于物體表面、織物等污染物品以及水、果蔬和食飲具等的消毒。除上述用途外，次氯酸還可用于室內空氣、二次供水設備設施表面、手、皮膚和黏膜的消毒。

首先，這兩者的化學方程式不同：

次氯酸 HClO

次 NaClO

其次，它們的殺菌原理不同：

次氯酸——次氯酸分解形成新生態氧[O],新生態氧的極強氧化性使菌體和病毒上的蛋白質等物質變性，從而致死病原微生物。

在殺菌、殺病毒過程中，不僅可作用于細胞壁、病毒外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，還可滲透入菌體內，氧化RNA或DNA，迅速滅活原核細胞使其（細菌、真菌、支原體、衣原體、病毒和細菌芽孢等致病微生物均為原核細胞）。同時，次氯酸產生出的氯離子還能顯著改變細菌和病毒體的滲透壓，使其細胞喪失活性而。

次氯酸濃度與次濃度的區別84、氯片的主要成分為次，次殺菌消毒的主要成份就是“次氯酸”（HCLO)，也就是通常稱為有效氯，在同樣濃度下次氯酸水所含“次氯酸”（HCLO)是84、氯片的80倍左右，比如：“次氯酸”（HCLO)濃度30PPM相當于84、氯片濃度2400PPM左右。 反之：84、氯片濃度2400PPM相大約當于“次氯酸”（HCLO)濃度30PPM。