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全自動生化分析儀時，儀器的交叉污染現象是引起實驗結果偏離的一個原因。由于全自動生化分析儀試劑針需要解除各種試劑，一般難以清洗干凈，所以容易造成分析項目的攜帶污染。而生化項目的測定往往需要僅幾微升樣本，試劑往往需要幾百微升 ，尤其在沒有自動清洗程序的流動池式生化分析儀上，由于前帶現象的存在，如果前一個人標本為高值樣本，則接后的個低值標本結果應慎重報告。

就是具有自動清洗程序的全自動生化分析儀也有交叉污染，例如Beckman 全自動生化分析儀CX4，它的試劑針(probe)、樣品吸樣針及反應攪拌棒是利用高壓沖洗洗液沖洗，然后用高壓壓縮空氣吹干，有時由于洗液壓力和壓縮空氣壓力偏低，使試劑吸針、樣品針及反應攪拌棒沖洗不干凈、吹不干，從而導致反應池之間相互污染、試劑間交叉污染，是檢驗結果偏離。另一個值得注意的問題是許多生化儀器由于長期頻繁的利用，使加樣針和試劑針的磨損加重或的“特氟龍”吸頭不及時更換，使吸樣針或試劑針密封層增大，產生泄露現象也是造成樣本間及實際間項目污染的一個重要原因。

在全自動生化分析儀使用中，我們發現一個項目會影響緊隨其后項目的測試結果，造成這種影響的原因之一是一種實際中含有另一試驗的測定物質而直接干擾其測試結果。比如：在TP試劑中含有大量的CUSO4,如果將Cu放在TP項目的后面檢測，會使檢測結果偏高或重復性差。再如P放在含有磷酸鹽的項目后面，TBA放在含有膽酸鹽的項目后面都會使檢測結果偏高或重復性差。

近20年來生化分析發展快速。光譜技術已從單一的比色法發展為分光光度法、透射比濁法、原子吸收和火焰發射光譜法、分子熒光光譜法。分離技術除了一般的離心和超離心技術外，在層析和電泳技術方面有更廣泛的發展和應用。層析技術如薄層層析、凝膠層析、離心交換層析、親和層析、氣相層析、液相色譜（HPLC）等應用也越來越廣泛，特別是HPLC以其快速、高分辨率在微量代謝物、檢測方面更勝一籌。