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研究結(jié)果表明，施用生物有機(jī)肥后，果園土壤容重變小，土壤孔隙度增大，增加了土壤微生物數(shù)量，土壤透氣性得到改善，有機(jī)質(zhì)含量明顯提高，土壤供氮和供磷能力增強(qiáng)，土壤酸堿性得到改善，有利于土壤中養(yǎng)分的釋放。在盆栽葡萄上的研究結(jié)果表明，施用生物有機(jī)肥后，盆栽葡萄土壤中放設(shè)菌和細(xì)菌等有益菌的數(shù)量明顯增加，其中放設(shè)菌含量達(dá)到7.6×108。

土壤是一個國家很重要的自然資源。沈其榮認(rèn)為土壤基礎(chǔ)地力是實(shí)現(xiàn)作物產(chǎn)量潛力的關(guān)鍵因素， 就每千克化肥在不同作物上的平均增產(chǎn)效果而言，1975 年為25 kg 谷粒/kg 化肥、15 kg 油料/kg 化肥、10 kg 棉花/kg 化肥；2008 年為8~9 kg 谷粒/kg化肥、6～7 kg 油料/kg 化肥、5～6 kg 棉花/kg 化肥。化肥報(bào)酬的急劇下降表明，隨著化肥的長期使用，土壤的基礎(chǔ)地力正在逐漸減弱， 而土壤基礎(chǔ)地力的減弱已成為影響中國農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展和農(nóng)作物高產(chǎn)、穩(wěn)產(chǎn)的重要限制因素。

生物有機(jī)肥質(zhì)量的優(yōu)劣主要取決于其中所含益生菌的作用強(qiáng)度和活菌數(shù)量， 目前生物有機(jī)肥的生產(chǎn)中通常使用活性強(qiáng)且耐高溫、高滲、干旱等抗逆性較強(qiáng)的菌，且在生產(chǎn)過程中要考慮各種菌劑之間的相互作用，不可隨意混合。根據(jù)微生物在生產(chǎn)中的作用可分為發(fā)酵菌和功能菌。發(fā)酵菌多由復(fù)合菌系組成，具有促進(jìn)物料分解、腐熟、除臭的功能，常用菌有酵母菌、光合細(xì)菌、乳酸菌、青霉、木霉、根霉等；功能菌是指能在產(chǎn)品中發(fā)揮特定的肥料效應(yīng)的微生物，以固氮菌、溶磷菌、硅酸鹽細(xì)菌等為主，在物料腐熟后加入。

 有機(jī)肥：主要來源于植物和（或）動物，施于土壤以提供植物營養(yǎng)為其主要功用的含碳物料。生物有機(jī)肥：是指特定功用微生物與主要以動植物殘?bào)w（如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等）為來源并經(jīng)無害化處置、腐熟的有機(jī)物料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和有機(jī)肥效應(yīng)的肥料。特性不同、有機(jī)肥：經(jīng)生物物質(zhì)、動植物廢棄物、植物殘?bào)w加工而來，消弭了其中的有毒有害物質(zhì)，富含大量有益物質(zhì)。包括：多種有機(jī)酸、肽類以及包括氮、磷、鉀在內(nèi)的豐厚的營養(yǎng)元素。不只能為農(nóng)作物提供營養(yǎng)，而且肥效長。