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就是具有自動清洗程序的全自動生化分析儀也有交叉污染，例如Beckman 全自動生化分析儀CX4，它的試劑針(probe)、樣品吸樣針及反應攪拌棒是利用高壓沖洗洗液沖洗，然后用高壓壓縮空氣吹干，有時由于洗液壓力和壓縮空氣壓力偏低，使試劑吸針、樣品針及反應攪拌棒沖洗不干凈、吹不干，從而導致反應池之間相互污染、試劑間交叉污染，是檢驗結果偏離。另一個值得注意的問題是許多生化儀器由于長期頻繁的利用，使加樣針和試劑針的磨損加重或的“特氟龍”吸頭不及時更換，使吸樣針或試劑針密封層增大，產生泄露現象也是造成樣本間及實際間項目污染的一個重要原因。

隨著全自動生化分析儀的普及，“開瓶穩定性”也隨之受到了大家的重視，但是就目前有的試劑方法學來講，還達不到人們所要求的試劑開瓶后在儀器內放很長時間不需要定標，比如ALP、TP、GSP、等PH為堿性的試劑，開瓶后試劑會吸收空氣中的二氧化碳，使試劑本身的PH值下降，如果長時間開瓶不定標或者校準，會使檢測結果發生偏離，在國外有的項目有明文規定，必須72小時之內定標，比如BUN。但是在國內的某些實驗室為了方便，很長時間都不作校準，導致測定結果的不準確，解決辦法：a、了解試劑特性。及時對部份項目進行校準，對于每天標本量不多的醫院，可按照1-2天的用量取用試劑放入儀器。

全自動生化分析儀屬于光學分析儀器，本質就相當于一個分光光度計，基于物質對光的選擇性吸收，即分光光度法，基本測量原理還是依據比爾定律。單色器將光源發出的復色光分成單色光，特定波長的單色光通過盛有樣品溶液的比色池，光電轉換器將投射光轉換為電信號后送入信號處理系統進行分析，計算機再根據用戶選擇的工作方式對測量數據進行處理、運算、分析、保存，打印機同時打印出相應的結果。