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 化學污染包括有機物污染和無機物污染。有機物污染主要是有機試劑污染和有機樣品污染。在大多數情況下，實驗室中的有機試劑并不直接參與發生反應，僅僅起溶劑作用，因此消耗的有機試劑以各種形式排放到周邊的環境中，排放總量大致就相當于試劑的消耗量。日復一日，年復一年，排放量十分可觀。有機樣品污染包括一些的有機樣品，如、苯并(α)芘、、亞等。無機物污染有強酸、強堿的污染，重金屬污染，污染等。其中、、鉛、鎘、鉻等重金屬的毒性不僅強，且有在人體中有蓄積性。

數據分析軟件：這是NGS實驗室特有的環節，實驗室需要用商品試劑配套的軟件進行數據分析，并確認使用軟件的版本和數據庫的現行有效版本；數據需要專業的生信人員進行分析，需要在數據預處理、數據比對、數據質控、分析判斷等每個流程進行質控，確保數據分析的準確性。檢查人員強調，實驗室安全關系到全監測站每一位職工的安全，特別是有毒有害試劑的存放管理要嚴格、規范，有毒有害試劑的泄漏、流出和使用不當均會帶來不可估計的損失，要做到“全覆蓋、零容忍”，堅決杜絕有毒有害試劑事故的發生，確保職工的人身財產安全，維護單位工作環境和諧穩定。

近年來，食品安全及品質問題越來越受到人們的關注。這里說的食品是廣泛意義上的食品，包括初級農產品，如：糧谷、油料籽、蔬菜、水產品、畜禽產品、水果等，也包括加工后的食品，如：罐頭、火腿腸、食用油、方便面、醬菜、調味品等。開展食品檢測的實驗室也越來越多。在這些實驗室中由于性質不同，檢測的項目不同，而對實驗室籌建和發展過程中對儀器的購置和選型有著不同的要求。

還有一個缺點，就是中心實驗室的時效性相對來說差一些。醫院是收到樣本當天出結果，中心實驗室由于有樣本運輸的時間需要兩到三天出報告。但是對于生物標志物來說，由于檢測平臺的復雜度以及臨床普及率，中心實驗室的生物標志物的時效性能夠滿足臨床和研究的要求。